In een document van 1129 wordt Leest voor het eerst vermeld als een zelfstandige parochie. Bijgevolg was er ook een kerk, vermoedelijk in romaanse stijl. Aangenomen wordt dat restanten van de romaanse bouwfase bewaard bleven in de natuurstenen onderbouw van de toren.
De kerk werd op het einde van de 16de eeuw grotendeels door brand vernield, en nadien herhaaldelijk hersteld en uitgebreid.
In 1620 werd de zuidelijke sacristie in witte natuursteen toegevoegd, die nog steeds aanwezig is.
In 1768 werd het koor herbouwd omwille van bouwvalligheid, wellicht ontstond toen het huidige halfronde volume in witte natuursteen. In 1782 werd de toren verbouwd en/of verhoogd in baksteen en witgekalkt.
Vermits de kerk in de 19de eeuw te klein en te bouwvallig was geworden, werd het middenschip in 1852-1855 heropgebouwd in neogotische stijl en voorzien van zijbeuken (waardoor de toren werd ingebouwd) onder leiding van de provinciale architect F. Berckmans. In de navolgende jaren kreeg de kerk een neogotisch interieur en meubilair, en werden de initieel rechthoekige vensters van het 18de-eeuwse koor aangepast tot spitsboogvensters.
Relatief sterk beschadigd tijdens de Eerste Wereldoorlog, werden kort daarna herstellingen uitgevoerd en kreeg de kerk nieuwe gebrandschilderde glasramen, gesigneerd Ed. Steyaert, 1924. Tegelijkertijd werd het interieur herschilderd in de nog steeds typische kleuren rood en zilver.
Omstreeks 1970 werd de toren ontdaan van zijn witte afwerking en kreeg de bakstenen bovenbouw aan 2 zijden een nieuw baksteenparement.
Parochiekerk Sint-Niklaas met kerkhof en ommuring is beschermd als monument dd. 28.04.1998.
